私の場合、投資口座へ入金、また口座から出金をすることがあるので、以下の計算方法で算出しています。
年間投資パフォーマンス(%) = 純資産増加分/年初残高 x 100
純資産増加分=(年末残高)-(年初残高)-(入金/出金差し引き残高合計)-(経費)
経費=(信用取引利息)+(株式取引手数料)
上記計算方法で算出した昨年(06年)のパフォーマンスは、66%の増加でした。
実際には、入金額が出金額を上回った場合(私の昨年はそうでした)、その部分の投資リターンを考慮すべきなので、同様の計算を月毎に行った場合のネットでのリターンは50%でした。
以下に月毎のネットの増減のグラフを添付します。

2006年トータルの私の米国株式のポートフォリオ・パフォーマンスと各主要インデックスとのパフォーマンス比較は以下の通りです。

インデックスのパフォーマンスは以下の計算方法で算出しています。
年間インデックスパフォーマンス(%)=インデックス値増減分/年初インデックス値 x 100
インデックス値増減分 = (年末クロージング時インデックス値)-(年初オープン時インデックス値)